Quỹ Mozilla có nguồn cung cấp tài chính từ hoạt động quyên góp tự nguyện. Cùng với 2 triệu USD ban đầu từ AOL, Mitch Kapor cũng đóng góp 300.000 USD khi tổ chức bắt đầu đi vào hoạt động. Tổ chức được miễn thuế theo luật thuế mang mã IRC 501(c)(3) của Hoa Kỳ, mặc dù chi nhánh của nó là Tập đoàn Mozilla hoạt động có chịu thuế.

Năm 2006 quỹ Mozilla có doanh thu đạt 66,8 triệu USD, trong đó có 61,5 triệu là tiền "hoa hồng tìm kiếm" ("search royalties").[2]

Quỹ cũng đang có một hợp đồng với Google đặt mặc định công cụ tìm kiếm Google search trong thanh tìm kiếm trình duyệt Firefox, và từ đó liên kết đến trang tìm kiếm của Google; một trang tìm kiếm Google mang giao diện Firefox cũng được thiết kế làm trang chủ của Firefox. Một ghi chú trong bản báo cáo tài chính năm 2006 của Mozilla tuyên bố "Mozilla có một hợp đồng với một nhà cung cấp máy tìm kiếm cùng với tiền hoa hồng. Bản hợp đồng vốn đã hết hạn vào tháng 11 năm 2006 nhưng đã được gia hạn thêm 2 năm để hết hạn vào tháng 10 năm 2008. Khoảng 85% doanh thu của Mozilla năm 2006 là từ bản hợp đồng này."; tức là tương đương với 56,8 triệu USD.[2]

Năm 2006 sau một yêu cầu từ Theo de Raadt thuộc dự án OpenBSD về tài chính phục vụ phát triển các đối tượng tạo lợi nhuận thông qua việc sử dụng OpenSSH trong các gói phân phối của họ, quỹ Mozilla đã đóng góp 10.000 USD cho de Raadt và dự án OpenBSD trong việc phát triển OpenSSH. Số tiền đóng góp này nằm trong số tiền kiếm được từ lợi nhuận được cung cấp bởi Google. Mặc dù đích đến của yêu cầu này là các tập đoàn như Cisco, IBM, HP, và Red Hat (tất cả đều kinh doanh các hệ điều hành có OpenSSH nhưng trước đó đã không đóng góp để nó tiếp tục phát triển), quỹ Mozilla thấy rằng nếu không có OpenSSH, rất nhiều nhà phát triển đã có thể làm việc tình trạng kém bảo mật và không an toàn, do đó họ đóng góp một số tiền như một lời cảm ơn.[3]